Insgesamt gibt es in Kirgisistan fast  zweitausend Seen, mit einer Gesamtfläche von fast 7000 Quadratkilometern. Die meisten sind kleine Gebirgsseen. Sie liegen in einer Höhen von 2500 bis 4000 Metern über Meeresspiegel und entstanden als sich die Gletscher zurückgezogen haben. Nur sechzehn davon haben eine Fläche von mehr als einem  Quadratkilometer.

Auf kirgisisch ist das Wort für See "kul", wie in Issik-Kul, Son Kul und Tschatir Kul, (die drei größten Seen des Landes).

Der Issik-Kul ist der größte der kirgisischen Seen und wird manchmal als "die Perle des Tien -Shan" bezeichnet. Er hat einen speziellen Platz in den Sagen der Einheimischen. Der Name bedeutet "warmer See", aber dieser bezieht sich nicht unbedingt auf die Temperatur des Wassers, sondern eher auf die Tatsache, dass er nie komplett einfriert. Der See in einer Mulde liegt und hat keinen natürlichen Abfluss. Weil das Wasser einen hohen Salzgehalt aufweist liegt der Gefrierpunkt  tiefer.

Son Kul, der zweitgrößte See des Landes und der größte Süßwassersee, liegt auf einer Höhe von 3016 Metern über Meer, auf einer baumlosen Hochebene. Üppigen Wiesen breiten sich im Sommer an deinen Ufern aus. Das Wasser fließt  ab in den Kajyrty Fluss und später in den Naryn Fluss.

Tschatir Kul ist nicht nur der drittgrößte See; es ist der höchstgelegene See in der Republik bei 3530 Metern über Meer. Der Kok Aygyr Fluss mündet  in den See, einen Abfluss gibt es nicht. Es gibt auch keine Fische im See.

Weitere Seen, die einer Erwähnung wert sind, wären der Sary Tschelek und die Merzbacher Seen.

Sary Tschelek ("gelber Eimer") entstand in der Urzeit in der Folge eines Abbruchs von Felsens in den Fluss, wodurch sich als Folge ein See formierte, er liegt im Südwesten des Landes. Er ist durch bewaldete Böschungen umgeben und viele Gebirgsströme nähren ihn mit Wasser.  Dieser Süßwassersee wird häufig als der Schönste bezeichnet. Er liegt in der Mitte eines Nationalparks und der Zugang wird streng kontrolliert.

Die Merzbacher Seen sind ein merkwürdiges geologisches Phänomen und wurden nach dem deutschen Forscher benannt, der sie entdeckte. Sie erscheinen und verschwinden jeden Sommer, ohne irgendeinen offensichtlichen Grunde. An ihrem größten Umfang messen die Seen ungefähr vier Kilometer  in der Länge und  einen Kilometer  in der Briete. Sie sind  zwischen 40-80 Metern tief.

Wasser ist  eine der wichtigsten natürlichen Ressourcen Kirgisistans. Die Berge und Gletscher sind der Ursprung von vielen Flüssen, die die  kirgisischen Republik durchqueren und über seine Grenzen hinaus zu seinen Nachbarländern fließen: Flüsse wie der Narin, der als Sir Darya in alten Zeiten bekannt war. Zusätzlich zu den natürlich gebildeten Seen gibt es einige künstliche Sammelbecken, die hergestellt wurden um zu bewässern und auch für die Energieerzeugung. Zusätzlich zu ihren Primärzwecken sind diese Vorratsbehälter ein ökologisches Hilfsmittel und nicht zuletzt Einrichtungen für Erholungsressorts.

Der Größte künstliche See ist der Toktogul Stausee im Flusslauf des Narin. Gebaut im Jahr 1974, enthält der Damm fast 200000 Kubikmeter Wasser, beherbergt ein Wasserkraftwerk, und regelt  den Wasserfluss weiter stromabwärts.

Es gibt praktisch keine Wasserverkehrswege in Kirgisistan, (obwohl es einige "Dampfer" gibt, die auf dem Issyk-Kul  hin und herfahren. Es gibt kleine Ruderbooten für die Fischer. Einige der Flüsse bieten ausgezeichnete Möglichkeiten für River-Rafting). Insgesamt sind die Seen, Flüsse und Stauseen  in der Regel friedliche Oasen, in denen es sich entspannen lässt und man die Natur beobachten kann.