Seit der Erklärung der Unabhängigkeit im Jahre 1991 wurde das Land zum Führer in Schutzfragen: 1995 wurde die Welterbekonvention, 1996 die Konvention der biologischen Vielfalt und 2002 die Ramsarkonvention für Sumpfgebiete von internationaler Bedeutung ratifiziert.

Es gibt verschiedene Arten von BGNGs- 6 Staatsschutzgebiete (oder Sapowedniks), 8 Nationalparks (die sich in Wald-, botanische, geologische, Multi-user- und Jagdparks teilen) und 2 Biosphärenschutzgebiete, die von der UNESCO anerkannt sind.

Eine der wichtigsten Aufgaben von Nationalparks ist es, den Tourismus so zu organisieren, dass er der Natur keinen Schaden bringt.

Naturparks sind für den Schutz der Natur und Umwelt gegründet, sind aber für Freizeitaktivitäten verfügbar.

Die Schutzgebiete machen die größte Anzahl der BGNGs aus. Sie umfassen ein Territorium von 289.200 h, mehr als die Hälfte der Fläche der Territorien insgesamt. In Schutzgebieten sind nur eine begrenzte Zahl an Wirtschaftsaktivitäten erlaubt.

Die Funktion der Schutzgebiete besteht darin, die Bestandteile der Natur und Umwelt zu schützen und wiederherzustellen. Deshalb sind diese Regionen fast vollständig von Wirtschaftstätigkeiten befreit, auch von Fischerei, Jagd und Pflücken von wilden Pflanzen.

Eine weitere wichtige Aufgabe von Schutzgebieten ist die Ausbildung und Aufklärung der Bevölkerung über die ökologische Betreuung innerhalb des Territoriums.

Da die Regierung plant, mehr Fläche unter Schutz zu stellen, wird die Anzahl der Parks immer

Größer. 2004 wurde bekannt gegeben, dass noch zwei weitere geschützte Zonen gebildet werden: Kara Buura in der Region Talas und Usun Akmat in Toktogul gehören nun zum Gebiet Djalal Abad. Außerdem wurde das Gebiet Sandasch zum Schutzgebiet Besch Aral hinzugefügt. Das bedeutet, dass es in der Republik 11 Schutzgebiete gibt  die größte Zahl im Vergleich mit den übrigen Republiken des Zentralasiens.

Im Folgenden eine Liste der BGNGs in Kirgisien:

Den Nationalpark Ala Artscha gründete man, um den Fluss Ala Artscha und seine Umgebung der Gesellschaft zuliebe und für zukünftige Generation zu schützen. Der Nationalpark ist 35 km vom Zentrum der Hauptstadt Bischkek entfernt, erstreckt sich 15 km entlang einer Schlucht und steigt dabei von 1500 m bis auf 2240 m.

Das Staatsschutzgebiet Besch-Aral gründete man 1979 in der südwestlichen Ecke der Region Djalal Abad (direkt an der Grenze zu Usbekistan), mit dem Ziel, den einzigartigen Naturkomplex und die Wälder des Tschatkaltals zu schützen. Genauso, wie man teilweise den Lebensraum von Menzbir Murmeltieren schützt und die Tulpen von Creig und Kaufmann.

Der Staatspark Besch Tasch befindet sich in der Region Talas, 13 km von der gleichnamigen Stadt entfernt. Er wurde 1996 gegründet und umfasst 32411 h. Er erstreckt sich über 30 km emtlang Besch Tasch Flusstals.

Das Schutzgebiet Tschong Kemin gründete man 1997 im Tal des Flusses Tschong-Kemin. Es schließt fast alle Wälder der Region Kemin ein. Die Hauptaufgabe des Parks ist es, die einzigartigen Landschaften mit ihrer Vielfalt an Flora und Fauna zu schützen. Er enthält sowohl Jagd- und botanische Schutzgebiete als auch ein Mausoleum von Schabdan Baatur.

Das Staatsnaturschutzgebiet Issik-Kul war das erste geschützte Territorium in Kirgisien und wurde 1948 gegründet. Heute bildet es einen Teil des großen Biosphärenschutzgebietes. Ursprünglich wurde es gegründet um den Lebensraum der Schwimmvögel in der Region um See zu schützen. Es hat internationale Bedeutung und umfasst ein Territorium von 19000 h.

Das Biosphärenschutzgebiet Issik-kul ist eines von 338 solcher Schutzgebiete auf der Welt, das von dem UNESCO Programm „Der Mensch und die Biosphäre“ anerkannt ist. Die Idee des Biosphärenschutzgebietes ist das Regionnenmodell zu nutzen und das Land zu erhalten.

Um den gleichzeitigen Schutz von Naturressourcen, umweltfreundliche und nachhaltige Landnutzung und die Verbesserung der Lebensqualität zu garantieren, ist das Territorium des Schutzgebietes in vier Zonen geteilt: Kern-, Puffer-, Übergangs- und Rehabilitationszone. Für jede Zone gelten bestimmte Regeln, die die Arten der Nutzung festlegen. Schon 1976 wurde es als Gebiet zum Schutz des Lebensraums von Schwimmvögeln von internationaler Bedeutung in die Welterbekonvention aufgenommen.

Das Territorium des Biosphärenschutzgebietes Issik-Kul umfasst 43100 km2, d.h. 22% der gesamten Fläche der Republik. Innerhalb des Gebiets ist eine große Vielfalt an Ökosystemen zu finden: von Wüsten bis zu Hochgebirgstundren. So dass es für viele Arten von Flora und Fauna ein Zuhause bietet. Auch für viele vom Aussterben bedrohte Tierarten wie, z. B. Marko Polo Schafe (Ovis ammon polii) und Sibiriensteinböcke (Capra sibirica, die in den Bergen grasen), einheimische Tianschanbraunbären, die man noch in den Tianschanpinienwäldern finden kann und vom Aussterben bedrohte Schneeleoparden (uncia uncia). Nach den Zahlen von 2001 leben innerhalb des Biosphärenschutzgebietes ca. 435000 Menschen.

Der Tourismus spielt in dieser Region eine wichtige Rolle für die Wirtschaft. Im nördlichen Teil des Biosphärenschutzgebietes ist die Tourismusinfrastruktur entwickelt. Neue Hotels und Urlaubsorte wurden in der letzten Zeit gebaut und es wird noch viel geplant. Alte Gebäude wurden renoviert.

Die Landwirtschaft ist ebenfalls ein wichtiger Zweig der Wirtschaft genauso wie Kumtor, ein großes Gold-förderunternehmen. Es ist notwendig, die Bedürfnisse der lokalen Bevölkerung (und der Besucher) mit dem Schutz der Umwelt zu vereinbaren.

Zum ersten Mal wurden 1948 Teile der Küstenlinie des Issik-Kul als geschützt erklärt. Aber das waren ziemlich kleine Teile. 1990, nachdem Kirgisien die Unabhängigkeit erlangte, ist der Wunsch nach umfangreicherem Schutz größer geworden und nachdem die Rechtsbasis geklärt war, wurde das ganze Gebiet in  einem Präsidentendekret 1998 zum Biosphärenschutzgebiet erklärt. 2001 begann die Arbeit an der Schaffung der Verwaltung des Schutzgebietes und es wurde von der UNESCO offiziell anerkannt. Genauso wie es von großer Bedeutung für Kirgisien ist, verhängt es die Verpflichtung, sich Mühe zu geben, diese einzigartige Natur- und Kulturlandschaft zu schützen.

Die deutsche Organisation GTZ leistete bedeutende Hilfe bei der Entwicklung des Biosphärenschutzgebietes. Außerdem wurden zahlreiche kleine Projekte gefördert, um der lokalen Bevölkerung wirtschaftlich interessante und ökologisch kompatible Maßnahmen zu ermöglichen.

Die offizielle Ramsarkonvention stellt fest, dass der See ein einzigartiges Beispiel für einen großen brackigen See in einem Tektonikbecken und ein charakteristisches Merkmal der Tianschanberge ist. Außerdem ist es der fünfttiefste See der Welt und ist als Überwinterungsort für Wild- und Zugvögel wichtig: Er bietet den winterlichen Lebensraum für 20000 bis 50000 Schwimmvögel, wobei diese Zahlen stark von der Härte des Winters abhängen. Wichtige überwinternde Vogelarten sind Störche (Cygnus cygnus), Aythia ferina und Fulica atra. Eine wichtige vorbeiziehende Vogelart ist Anas acuta. Außerdem gibt es kleine Nistkolonien von Ciconiidae.

Der See ist ferner als Brutgebiet für einige wirtschaftlich wichtige Fischarten von besonderer Bedeutung, z. B. Stizostedion lucioperca und viele andere.

Den Nationalpark Karakol gründete man 1997 auf einem Territorium von 38256 h plus 4767 h Wälder.

Der Kara-Schoro Nationalpark  1996 in der Region Osch gegründet, 8450 h  besteht hauptsächlich aus Weidenland, umfasst aber auch 823 h Wälder. In diesem Park gibt es keine Wege.

Das Schutzgebiet Karatal- Japarik gründete man 1995 in der nördlichen Waldregion der Berge Karg in der Region Narin. Es setzt sich aus 3 kleinen Gebieten zusammen Wälder, Hochebenen und die Seen Son Kul und Tschatir Kul und umfasst ca. 72000 h.

Kulan Ata gründete man nach dem Präsidentenerlass 2004, um die Artenvielfalt der Tier- und Pflanzenwelt zu schützen, den Bioressourcenschutz und die Expansion der geschützten Naturgebiete in der Republik zu verbessern. Er umfasst eine Fläche von 24500 h, die sich aus  zwei abgetrennten Gebiete, Kulan Ata und Tanzu, zusammensetzt. Das Schutzgebiet stellt eine Grenze zwischen Breitblätter- und Nadelwäldern dar  wobei Tannenwälder weit verbreitet sind - in einer überwiegend gebirgigen aber äußerst vielfältigen Landschaft. Es gibt ungefähr 600 verschiedene Pflanzenarten, von denen 200 Arten nur in Kirgisien zu finden sind. Etwa 54 davon stehen auf der Roten Liste und sind vom Aussterben bedroht. Die Vielfalt der Flora und Fauna ist groß. Aber die meisten Arten brauchen ein größeres Territorium, als das Schutzgebiet schützen kann, passieren dessen Grenzen und werden zu Zielen der Jäger.

Den Naturpark Kirgis Ata, 1172 h, gründete man 1992 in der Region Osch, um lokale Artschawälder zu schützen.

Das Staatsschutzgebiet Narin wurde 1983 gegründet. Dort werden Nadelwälder, alpine Hochgebirgsweiden und andere Ökosystems geschützt.

Das Schutzgebiet Padascha Ata im Djatal Ata ist eines der neueren Schutzgebiete.

Den Staatspark Saimaluu, der 10448 h umfasst, gründete man 2001 im Osten der Region Djalal Abad. Er ist der Wiederansiedlung des Tian Schan Maral Rothirsch gewidmet und dient als Naherholungsgebiet für die lokale Bevölkerung.

Das Schutzgebiet Saritschat-Ertasch - im Gebiet Issik-Kul - umfasst 72000 h Hochgebirgslebensraum.

Das Biosphärenschutzgebiet Sary Tschelek befindet sich im Westen des Tian-Schan Gebirges, am Südsporn der Tschatkalberge im Westen Kirgisiens und umfasst ungefähr 23868 h auf einer Höhe von 1200 m bis 4247 m ü.d.M. Ursprünglich wurde das Gebiet in der Region Dschadal Abad 1959 zum Park erklärt, mit dem Ziel die Wälder und Berglandschaften rund um den See Sary Tschelek zu schützen. 1979 wurde es zum Biosphärenschutzgebiet.

Mehr als 1000 verschiedene Pflanzenarten kommen innerhalb des Parks vor, auch eine große Vielfalt an"Vorfahren" von kommerziell wichtigen Pflanzen (insbesondere viele Früchte, die hier in den Wäldern entdeckt wurden, haben große wirtschaftliche Bedeutung). Ein Drittel des geschützten Gebietes sind Wälder, aber es gibt auch Weiden, Steppen, Felsen, Geröllhalden und einige Gewässer. Vor der Gründung des Biosphärenschutzgebietes wurden Viehweiden abgemäht und die Wälder selektiv abgeholzt.

Heute entstehen aufgrund von Freizeitaktivitäten, unorganisiertem Tourismus, den Durchgangsstraßen durch das Schutzgebiet und Bauarbeiten am Ufer des Sary Tschelek Sees ernsthafte Probleme. Wegen des Schutzes der umgebenden Bergen sind die Winter mild und schneereich, die Sommer warm und feucht.