Die Ornithologen können eine große Vielfalt an Vögeln entdecken: ca. 335 verschiedene Arten. In verschiedenen Gebieten des Landes kann man Fasane, Graureiher, Kirschvögel, Spechte, Adler, Eulen, Silbermöwen, Flamingos mit roten Flügeln und andere beobachten. Am See Issik-Kul können sie zischende Schwäne, weinende Schwäne, graue Gänse und Pelikane antreffen. Es wurde geschätzt, dass man hier im Winter ungefähr 60-70 Tausend Zugvögel vorfinden kann. Auch seltene Vogelarten wie Balabane, weiße Störche, goldene Adler, bärtige Geier, Trappen, Kraniche, "Schlangenesser", Seeadler mit weißen Schwänzen, Steppenadler und Schwarzstörche kann man in Kirgisien zu Gesicht bekommen. Kraniche sammeln sich am Son Kul und Tschatir Kul für ihre Zugreisen.

Die Säugetiere sind mit 83 verschiedenen Arten vertreten, darunter Bergschafe (Akhar), Bären und "Maral" in den Fichtenwäldern des Tian Schan und in den Hochgebirgstälern Ak-Sai, Arpa und Suusamir. Gebirgskämme und Bergtäler bieten Lebensraum für Füchse, Wölfe, Dachse, Wiesel, Hermeline und Steinmarder. In einigen Regionen kann man auch Schneeleoparden (Bars), Wildschweine, Igel, Hasen, Murmeltiere und "Andatren" finden.

Leider sind viele dieser Arten sehr selten oder vom Aussterben bedroht. Die Rote Liste Kirgisiens zählt 209 Arten: 26 Säugetiere, 53 Vögel, 10 Reptilien und Amphibien, 7 Fischarten, 18 Insekten und 30 Pflanzen. Das bedeutet eine Vergrößerung der Liste um 102 Arten, seit sie vor 20 Jahren im Jahre 1985 erstmal erstellt wurde. Zu den berühmten Arten, die vom Aussterben bedroht sind, gehören die Schneeleoparden und Argali (Marco Polo Schafe).

Außerdem muss man erwähnen, dass sich die Vielfalt der Natur, obwohl sie sehr groß ist, größtenteils auf abgelegene Gegenden beschränkt. Und da die seltenen Tiere natürlich menschenscheu sind, gibt es keine Gewähr wann man was zu Gesicht bekommt.